Имхо, в оригинальной концовке (до конца евангелиона), выяснилось что вся идея Гендо состояла в получении прав администратора на момент комплементации (в обход зееле), тем самым став своеобразным богом внутри будущего общего бессознательного. Когда план был выполнен, он создал утопию, где все были счастливы, в том числе он с женой и сыном.

Есть ранобе и веб-новелла. Судя по дискуссиям в данной теме, в первом - разрыв в старте несколько лет. Во втором- счет идет на десятилетия. Возможно еще добрый десяток других изменений.
Тот же брат Юлиуса (я уже давно забыл имена) при себе имел шарф, который по его словам "был сделан из паутины "ужаса чего-то там (гг)", которую добыли торговцы(?) в экспедиции 20 лет назад, до того как часть подземного тракта была закрыта из-за этого самого ужаса"
Касательно бонуса, когда твист с разрывом во времени становиться очевиден, и ГГ задает вопрос почему ей не дали "плюшек", эй ответили, мол, время и было твоим козырем.
В остальном я это читал лет 5 назад, точно не скажу, и уже плохо помню кто есть кто. Поэтому и ответа дать не могу

Я уже испугался, что у меня с памятью проблемы. Сюжет выше оказывается с веб-новеллы. У них разные с официальным изданием линии партии, хоть и смежные точки соприкосновения есть, к тому же первое автор давно заморозил.

Разве? Могу судить только по печатному изданию, поэтому, на всякий случай СПОЙЛЕР.
ГГ получила преимущество не в несколько лет, пока другие "росли", а в целых полвека (если не больше), к моменту вхождения в силу других "исекайцев" успев стать своеобразной легендой. Цена за такой бонус соответствовала тому, что ей, грубо говоря, не дали никаких сил, забросили в монстра, закрыв на самых нижних этажах местного филиала чудовищ, куда не ступала нога человека, из-за чего все это время ей приходилось выживать одной, заниматься каннибализмом и прочими радостями жизни. К моменту выхода на общак, мировоззрение уже было начисто уронено набекрень (рассказ ведется от её лица через призму "веселья", из-за чего степень шизы начинаешь осознавать только при встрече с другими попаданцами) . Более того, как я понял, она задалась вопросом найти ответ кто управляет данным "цирком", по вине которых и существуют попаданцы\система\герои-владыки тьмы и т.д., ибо сами кукловоды нисколько не стесняются скрывать свое существование. (Те же администраторы и показатель "запретных знаний" (не знаю как на русском перевод) существуют для того, чтобы не появлялись МС способные ломать баланс и портить кому-то шоу)

Субъективное мнение.
Кратко: люди - это жижа, форму которой придает "душа". Все души на самом деле являются единым организмом, своеобразным ангелом (вселенной ЕВЫ). В конце и наступает их мужское слияние.
Синдзи став "головой" этой сущности, считает что объединившись больше не будет проблем. Но у каждого свое виденье утопии. В порыве ярости душит Асоку, осознает эту мысль, и покидает "утопию".